疟疾潜伏期因感染的疟原虫种类不同而异。恶性疟平均为12天，三日疟平均30天，间日疟和卵形疟平均14天，但间日疟有时可长达12个月以上。经输血传播的疟疾，其潜伏期的长短与血中疟原虫的数量有关，3－41天不等，一般为7－14天。疟疾临床症状通常有以下四期：
 1. 前驱期  头痛、全身酸痛、乏力、畏寒。
 2. 发冷期  手脚发冷，继而寒战、发抖、面色苍白、口唇指甲发绀。体温迅速上升、此期可持续10多分钟至2小时。
 3. 发热期  寒战后全身发热、头痛、口渴，体温可升至39oC或以上，有些病人可出现抽搐、此期可持续2－3小时。
 4. 出汗期  高热后大汗淋漓，体温迅速下降，此期可持续1小时以上