质量管理是疾控中心做好一切工作的前提和基础，质量管理的好坏直接关系到疾病防制工作水平与能力的高低。湖南省疾控中心的前身卫生防疫站于1992年就设置了质量控制办公室，与站办公室合并办公；1999年质量控制办公室独立办公；2001年3月更名为湖南省疾控中心质量管理科。中心的质量管理工作从制定规章制度和业务工作规程，进而发展到对疾病控制的各项工作的各个环节进行全面控制管理，得到了全体疾控工作者的重视与支持。自2001年我中心成立以来，中心领导非常重视质量管理工作，并按ISO9000 和ISO/IEC17025国际标准要求建立了质量管理体系。2002年11月通过了ISO9001认证，2003年中心实验室顺利通过了国家实验室认可，2005年通过了国家实验室资质认定。2011年6月通过了实验室认可、资质认定和食品检验机构资质认定的“3合1”评审，并成为全国卫生系统首家通过食品检验机构资质认定现场评审的单位。

湖南省疾控中心质量管理科负责协助中心主任制订管理体系的总目标，并监督实施；负责中心管理体系的有效运行和持续改进，做好内审、绩效考核和管理评审工作；负责综合管理体系文件的管理，组织并参与管理文件的编制、评审和修改；负责中心实验室生物安全管理；负责中心实验室检测质量控制与项目分包的管理；负责检测报告和原始记录的印鉴、归档、抽查和处置；负责对基层疾控中心开展质量管理和质量控制以及实验室能力和生物安全的指导、培训与咨询等服务工作。